A ortomolecular se baseia no princípio que as doenças, podem ser tratadas ou até mesmo curadas pela restauração dos níveis ideais de substâncias, como vitaminas, minerais, coenzimas, aminoácidos e outras substancias que agem no organismo humano e que muitas das vezes podem estar em desequilíbrio.
Por exemplo nas doenças emocionais em muitos casos os níveis de vitamina D séricos do individuos encontram-se abaixo dos valores ideias, lembrando que a ortomolecular não trabalha apenas com a faixa de referência laboratorial de seus exames, mas sim com valores ideais para otimização das funções metabólicas, ou seja, um exame estra dentro da faixa de referência, não quer dizer que está próximo do valor ideal, assim, a ortomolecular visa otimizar seus níveis nutricionais.
Ainda no exemplo de doenças emocionais, em muitos casos a ortomolecular pode ser o tratamento de única escolha ou ser associada a medicação, dependendo da individualidade a avaliação de diversos parâmetros da pessoa a ser tratada.
A suplementação por exemplo de piridoxal 5 fosfato, triptofano, 5HTP, L teanina e outras diversas substancias podem ser usadas, a formulação será baseada na clínica, exames, possíveis interações medicamentosas e outros fatores que o ortomolecular irá avaliar em consulta.
Na estética o ortomolecular pode auxiliar significativamente, melhorando a elasticidade da pele, resistência das unhas, reduzindo a queda de cabelo e linhas de expressão, atuando como antioxidante, reduzindo manchas na pele e outros.
O tratamento ortomolecular pode ser utilizado para estética, na obesidade, depressão, transtorno de ansiedade e síndrome do pânico, diabetes e resistência à insulina, dislipidemias, hipertensão, gastrite, doenças intestinais, atrite, osteoporose, esteatose hepática, baixa imunidade e outras patologias e condições clinicas.